El programa ha buscado alianzas y recibido apoyo de diversas instituciones de renombre nacional e internacional. Cabe destacar las alianzas con Embrapa, Epamig, UFLA, ESALQ-USP, el Instituto Carlos Chagas Filho de Biofísica (IBCC-UFRJ), UFV y varias empresas del sector productivo ubicadas en Itajubá, como AREVA, Mahle y Helibrás, entre otras, que permiten el desarrollo de la investigación aplicada. Además, existen proyectos desarrollados en conjunto con FURNAS, CEMIG y SUPRAM.

El Programa también mantiene un convenio con el Instituto Nacional de Investigaciones Espaciales (INPE) mediante cooperación e intercambio científico, que abarca investigación, desarrollo, capacitación y desarrollo de recursos humanos, absorción y transferencia de tecnología. Cabe destacar la participación del profesor Roger Torres en colaboración con CEPAGRI/Unicamp y la Facultad de Salud Pública de la USP, a través del  proyecto CiAdapta  , y la participación del profesor Benedito Cláudio Silva en el proyecto Climate Network:  Global Climate Change in Brazil .

El programa mantiene colaboraciones con la USP (Departamento de Ciencias Atmosféricas, con un artículo publicado conjuntamente en 2019), la UFMG (un artículo publicado en 2019 como resultado de la codirección de un estudiante del Programa de Saneamiento, Medio Ambiente y Recursos Hídricos) y la UFRJ (participación como miembro permanente del Programa de Meteorología) a través de la profesora Vanessa Silveira Barreto Carvalho.

Se estableció una alianza con la UNIFESP (Prof. Werner Hanish) y el Instituto Botánico (Prof. Andrea Tucci) para el desarrollo de la disertación de la estudiante Natália Miranda Goulart. También se establecieron alianzas con profesores de la UFRN (Prof. Weber Andrade Gonçalves), del INPE (Prof. Izabelly Carvalho da Costa) y de la USP (Prof. Rachel Ifanger Albrecht) en proyectos coordinados por el Prof. Enrique Vieira Mattos. El programa contó con el profesor Marcel Carvalho Abreu, de la Universidad Federal Rural de Río de Janeiro, para impartir un minicurso sobre el «Software R».

El programa muestra el intercambio entre profesores que codirigen tesis:

a) Leonardo Frasson dos Reis, de la UEMG – Universidad Estadual de Minas Gerais, Doctor en Neurociencia y Cognición por la Universidad Federal do ABC, con formación en Medicina Veterinaria y Ciencias Biológicas.

b) Werner Siegfried Hanisch, Ingeniero Químico, Doctor en Hidráulica y Saneamiento por la Universidad de São Paulo.

c) Liliana Auxiliadora Avelar Pereira Pasin, Doctora en Agronomía por la Universidad Federal de Lavras y profesora de la Fundación de Enseñanza e Investigación de Itajubá – FEPI.

d) Luiz Fernando de Oliveira da Silva, doctor en Fitotecnia/Fructicultura por la Universidad Federal de Lavras (UFLA), es investigador en la Compañía de Investigación Agropecuaria de Minas Gerais (EPAMIG) y coordinador del Programa Estatal de Investigación en Cultivo de Olivo.

e) Emerson Dias Gonçalves, doctor en Agronomía por la Universidad Federal de Pelotas e investigador de la Compañía de Investigación Agrícola de Minas Gerais.

f) Rachel Ifanger Albrecht, Departamento de Ciencias Atmosféricas (DCA), Instituto de Astronomía, Geofísica y Ciencias Atmosféricas (IAG), Universidad de São Paulo (USP).

g) Izabelly Carvalho da Costa, Centro de Pronóstico Meteorológico y Estudios Climáticos (CPTEC), Instituto Nacional de Investigaciones Espaciales (INPE).

h) Weber Andrade Gonçalves, Centro de Ciencias Exactas y de la Tierra, Universidad Federal de Rio Grande do Norte (UFRN).

i) Gabriela Marques Di Giulio, Doctora en Medio Ambiente y Sociedad, Universidad de São Paulo, Facultad de Salud Pública, Departamento de Salud Ambiental.

j) Francisca Alcivânia de Melo e Silva, Doctora en Agronomía (Energía en Agricultura) por la Universidad Estadual Paulista «Júlio de Mesquita Filho» (2005). Actualmente es profesora asistente en el Campus Experimental de la UNESP en Registro, São Paulo.

l) Reginaldo Barboza da Silva, doctor (2002) en Agronomía (área de concentración en Suelos y Nutrición Vegetal) por la Universidad Federal de Lavras/UFLA, es profesor titular en la Universidad de Campinas (UNICAMP), en las áreas de Física y Conservación de Suelos y Agua.

m) Rosmeri P. da Rocha es doctora en Meteorología por el Instituto Nacional de Investigaciones Espaciales (1999). Actualmente, es profesora en el Departamento de Ciencias Atmosféricas de la Universidad de São Paulo.

n) Gustavo Carlos Juan Escobar, doctor en Ciencias Atmosféricas (2001) del Departamento de Ciencias Atmosféricas de la Universidad de Buenos Aires (UBA), investigador del Centro de Pronóstico del Tiempo y Estudios Climáticos (CPTEC/INPE).

o) Felipe Mendonça Pimenta, Oceanógrafo, UFSC. p) Fernando Ramos Martins, Geofísico – UNIFESP.